मंदिर की स्थापना के पीछे एक कहानी है। किंवदंती के अनुसार, भगवान श्रीनाथ जी की मूर्ति वृंदावन (भगवान कृष्ण की भूमि) में स्थापित की गई थी, लेकिन मूर्ति को औरंगजेब के विनाशकारी क्रोध से बचाने के लिए। 1672 में, राणा राज सिंह एकमात्र वीर थे, जिन्होंने मूर्ति को औरंगजेब के कब्जे से बचाने का प्रयास किया था। ऐसा कहा जाता है कि जब मूर्ति को अभेद्य स्थान पर ले जाया जा रहा था, तो एक विशेष स्थान पर, वाहन का पहिया कीचड़ में धंस गया। मूर्ति ने आगे बढ़ने से मना कर दिया, इसलिए पुजारी ने आशंका जताई कि यह भगवान की चुनी हुई जगह है। इस प्रकार, उसी स्थान पर एक मंदिर बनाया गया।
इस मंदिर की संरचना सरल है, लेकिन इस मंदिर का सौंदर्य आकर्षण निरंतर है।  भगवान श्रीनाथजी भगवान कृष्ण के एक रूप का प्रतीक हैं, जब उन्होंने ‘गोवर्धन’ (एक पहाड़ी) उठाया था। छवि में, भगवान अपने बाएं हाथ को उठाए हुए और दाहिने हाथ को मुट्ठी में बांधे हुए दिखाई देते हैं। मूर्ति को एक बड़े काले पत्थर से उकेरा गया है। भगवान के सिर के पास दो गायों, एक साँप, एक शेर, दो मोर और एक तोते की छवियाँ मूर्ति पर अंकित हैं।मंदिर के अधिकारियों के पास 500 से कम गायें नहीं हैं और उनमें से एक को श्रीनाथजी की गाय माना जाता है। ऐसा माना जाता है कि यह गाय उस वंश से आई है जिसने सदियों तक भगवान की सेवा की है। पहले यहां भोजन से भरी गाड़ियां आती थीं, जिन्हें श्रीनाथजी द्वारा भेजा जाता था। श्रीनाथजी का पवित्र मंदिर पूरे राजस्थान और भारत में प्रसिद्ध है। वैष्णव समुदाय के लोग बड़ी संख्या में इस पवित्र तीर्थस्थल पर दर्शन करने आते हैं।